Magyarországon az 1990-es jogállami rendszerváltás hozta meg a lehetőséget a katolikus felsőoktatás kibontakozásának. 1992-ben, előzetes szentszéki jóváhagyással (Prot. N. 223/91/9 – 1992. január 24.) a Magyar Katolikus Püspöki Kar megalapította (46/1992 – 1992. január 30.) a Budapesten működő Római Katolikus Hittudományi Kar mellett új egyetemi karként a Bölcsészettudományi Kart, és kimondta, hogy az intézmény így katolikus egyetemmé vált. Neve Pázmány Péter Katolikus Egyetem lett. 1992. október 4-én a budapesti Egyetemi templomban Pio Laghi bíboros, a Katolikus Nevelés Kongregációjának prefektusa szentmise keretében nyitotta meg az új egyetem első tanévét. 1995-ben jött létre a Jog- és Államtudományi Kar, majd 1996-ban a fakultási jogú Kánonjogi Posztgraduális Intézet, 1998-ban pedig az Információs Technológiai és Bionikai Kar. A Katolikus Nevelés Kongregációja az Egyetem egészét 1999. március 25-én kelt határozatával szentszéki alapításúvá tette. Az intézmény folyamatosan fejlődik, hallgatói létszáma a négy karon és a fakultási jogú intézetben meghaladja a 8000 főt.
A katolikus egyetemek köre az utóbbi években tovább bővült a Szegedi Hittudományi Főiskola jogutódaként létrejött Gál Ferenc Egyetemmel, amelynek fenntartója a Szeged-Csanádi Egyházmegye, majd 2021-ben az egri Eszterházy Károly Katolikus Egyetemmel, amelynek közvetlen jogelődje a város tanárképző főiskolája fejlődéséből létrejött állami egyetem volt, és amelynek fenntartója az Egri Főegyházmegye lett.
A katolikus felsőoktatás további elemeit képzik a hittudományi és más egyházi főiskolák, amelyek érseki és püspöki székhelyeken működnek Esztergomban, Egerben, Győrben, Nyíregyházán, Pécsett, Veszprémben és Vácott.
A katolikus felsőoktatási intézmények ma mintegy 18 ezer hallgató tanul az alapképzéstől a doktori képzésig