1989-ben Francesco Colasuonno érsek, apostoli nuncius kezdeményezte, hogy az egykori Pázmány Péter Tudományegyetemről leválasztott Római Katolikus Hittudományi Akadémia egy új, keresztény szellemiségű egyetemmé bővüljön. 1990 májusában dr. Erdő Péter, dr. Kopp Mária, dr. Roska Tamás és Skrabski Árpád létre hozta a Katolikus Egyetemi Alapítvány Szervező Bizottságát. Másfél éves küzdelmük eredményeképpen az egyetemalapítást a Magyar Köztársaság Kormánya támogatta, amelyhez rendelkezésre bocsátotta az egykori piliscsabai Perczel Mór laktanya épületeit és területét. 1992. január 30-án a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia (MKPK) kinevezte dr. Gál Ferencet rektornak és vezetésével újjáalapította az egyetem első fakultását, a Hittudományi Kart és megalapította a Bölcsészet- és Társadalomtudományi Kart. Az utóbbi intézmény az elmúlt húsz évben több ízben kényszerült telephelyváltásra.
1996. november 30. óta működik a fakultási jogú Kánonjogi Posztgraduális Intézetet, 1995. április 3. óta a Jog- és Államtudományi Kar, valamint 1998. június 24. óta az Információs Technológiai és Bionikai Kar. Az óvoda- és általános iskolai pedagógusképzés színtere a 2008-ban alapított Vitéz János Kar (az esztergomi Vitéz János Tanítóképző Főiskola jogutódja), amely 2013. július 1-jén beolvadt a Bölcsészet- és Társadalomtudományi Karba Vitéz János Tanárképző Központ néven. 1999. március 25-én a Katolikus Nevelés Kongregációjának N.1151/98 számú határozatával az egyetem szentszéki alapításúvá vált és bekerült a világszerte működő nyolcszáz katolikus felsőoktatási intézményen belül a szentszéki alapítólevéllel rendelkező ötvenkét egyetem közé. Az egyetem mindenkori nagykancellárja az MKPK elnöke; 2015 óta dr. Veres András püspök. Az egyetem rektora 2019 óta dr. Kuminetz Géza.